Οι περισσότερες από τις θηβαϊκές γενεαλογίες σχετίζονται με αυτό το βασιλικό ζεύγος, και όλες οι μεγάλες οικογένειες των Θηβών ισχυρίζονταν ότι κατάγονταν από αυτούς. Ακόμα και οι Αμαζόνες σύμφωνα με μία παράδοση ήταν κόρες της Αρμονίας. Ωστόσο, κατά μία άλλη εκδοχή, η Αρμονία ήταν κόρη του Δία και της Ηλέκτρας, και καταγόταν από τη Σαμοθράκη, από όπου είχε απαχθεί από τον Κάδμο. Αυτή την εκδοχή ασπάζεται ο Απολλώνιος ο Ρόδιος 

Στους γάμους της Αρμονίας ήταν παρόντες όλοι οι θεοί και οι θεές, που κατέβηκαν από την κορυφή του Ολύμπου, με πλούσια και θαυμαστά δώρα, ενώ οι Μούσες τραγούδησαν τον ύμνο του υμεναίου. Παιδιά του Κάδμου και της Αρμονίας ήταν η Σεμέλη (μητέρα του θεού Διονύσου), η Ινώ (μητέρα του Μελικέρτη), η Αυτονόη (μητέρα του Ακταίωνα), η Αγαύη (μητέρα του Πενθέα και ο Πολύδωρος, πατέρας του Λαβδάκου, που έγινε πρόγονος του Οιδίποδα.

Κάποτε, ο Κάδμος και η Αρμονία εγκατέλειψαν τη Βοιωτία, αφήνοντας στον θρόνο τον εγγονό τους Πενθέα, και πήγαν να περάσουν τα ύστερά τους κοντά στους Ιλλυριούς. Στο τέλος της ζωής τους και οι δυο τους μεταμορφώθηκαν σε δράκοντες και μεταφέρθηκαν από τον Δία στα Ηλύσια Πεδία (Πίνδαρος, Ολυμπιόνικοι Β 78). Κοινό γνώρισμα της θηβαϊκής και της σαμοθρακικής παραλλαγής του μύθου της Αρμονίας είναι το ότι η Αρμονία φέρεται ως σύζυγος του Κάδμου.

Γαμήλια δώρα

Ιδιαίτερη σημασία έχουν τα γαμήλια δώρα των θεών προς την Αρμονία: τα σπουδαιότερα δύο ήταν η εσθήτα και το περιδέραιο. Η εσθήτα πιστευόταν ότι ήταν δώρο της Αφροδίτης ή της Αθηνάς, υφασμένο από τις Χάριτες. Το περιδέραιο ήταν δώρο του θεού Ηφαίστου. Αλλά και τα δύο δώρα στάθηκαν μοιραία αργότερα, για κάποιους από τους απογόνους της Αρμονίας (βλ. Αλκμαίων, Αμφιάραος).
Σύμφωνα με άλλη παράδοση, αμφότερα ήταν δώρα του ίδιου του Κάδμου προς τη σύζυγό του, θεϊκής προελεύσεως βέβαια: ο Κάδμος τα διατηρούσε από την Ευρώπη, στην οποία τα είχε χαρίσει ο Δίας. Σε μια τρίτη παράδοση, η εσθήτα της Αρμονίας ήταν δημιούργημα της Αθηνάς και του Ηφαίστου ποτισμένο με δηλητήριο. Ο λόγος ήταν ότι οι δύο θεοί μισούσαν την Αρμονία ως καρπό της μοιχείας της Αφροδίτης με τον Άρη (η Αφροδίτη ήταν σύζυγος του Ηφαίστου).